Extraer el audio de un vídeo es otra de esas tareas que realizo de vez en cuando y que siempre tengo que buscar para recordar. Aquí queda la chuletilla de rigor para quién le sirva:
ffmpeg -i video_origen.avi -ab 128000 -ar 44100 audio_destino.mp3
Los dos argumentos usados (-ab y -ar) definen el audio bit rate (Tasa de bits) en bits por segundo y el audio sampling rate (Tasa de muestreo) en Herzios respectivamente y son los que van a definir la calidad del audio (y el tamaño del archivo) de salida. Ten en cuenta que si usas valores más altos de los que trae el audio del vídeo original ffmpeg lo que hará será interpolar los datos necesarios y puede que obtengamos peor calidad que en el original. No se puede sacar de donde no hay, que dice el refran 
El comando es válido con cualquier formato origen y/o destino cuyos codecs reconozca nuestro sistema: mkv, avi, mp4, mp3, ogg, wav, etc.
Y si prefieres usar mencoder tienes este otro comando que hace lo mismo:
mencoder video_origen.avi -of rawaudio -oac mp3lame -ovc copy -o audio_destino.mp3
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